高いエネルギー効率をもつ「マグマ燃料」の採掘によって地殻変動や環境破壊が進んだ世界。荒廃した地上で生き抜くため、人類は巨大移動要塞都市を建造し、その中で生活していたが、謎の巨大生物「叫竜」が出現し、平和を脅かしていた。これに対抗するため、天才科学者集団「APE」は「フランクス」という男女二人乗りの巨大兵器を開発。そのパイロット「パラサイト」とするためだけに名前ももたないコドモ達を育成していた。
フランクスと同調する力を失い自身の存在価値を見失っていた第13都市部隊のパラサイトであるヒロは、ある日、APE直属のエースパイロットで叫竜の血を引くとされる少女・ゼロツーと出会い、彼女から興味を持たれる。その後、ヒロの同級生たちが正規のパイロットとして認められる入隊式の日、第13都市を襲ってきた叫竜を倒すために、ヒロはゼロツーが乗るフランクス・ストレリチアに乗ることをゼロツーに懇願。ゼロツーはこれを快諾し、彼らを乗せたストレリチアは叫竜を圧倒的な力で撃破する。ふたたび自分の居場所を見出したヒロは、ゼロツーと共に戦う決意をする。
（wekipedhiaより）
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